Pada awalnya Urusan Kebudayaan Gunungkidul menjadi wewenang Dinas Kebudayaan dan Kepariwisataan Gunungkidul. Melalui Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Gunungkidul dan Peraturan Bupati Gunungkidul Nomor 58 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Kebudayaan, maka Dinas Kebudayaan dan Kepariwisataan berpisah menjadi dua organisasi yaitu Dinas Kebudayaan dan Dinas Pariwisata. Diharapkan Dinas Kebudayaan akan  lebih maksimal dalam melaksanakan urusan Kebudayaan Gunungkidul.

Pada tahun 2019 melalui Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul Nomor 5 Tahun 2019 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Kabupaten Gunungkidul Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Gunungkidul dan Peraturan Bupati Gunungkidul Nomor 98 Tahun 2019 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Kebudayaan (Kundha Kabudayan), maka Dinas Kebudayaan mengalami perubahan nama menjadi Dinas Kebudayaan (Kundha Kabudayan).